建てるときから相続まで総整理！二世帯住宅の節税メリットと注意点を解説

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親の介護や子育てのサポート、建築資金の確保といった観点から、親子世代が同居する二世帯住宅への関心が高まっています。この二世帯住宅には、税金面でもメリットが期待できるのをご存じでしょうか。ただし、そのためには、不動産登記の仕方などに注意が必要になります。ここでは、住宅取得時～相続までに適用可能な税の負担軽減措置について解説します。

二世帯住宅の登記方法には3つある

不動産を取得した場合には、法務局で不動産登記（所有者の確定・変更）が必要です。その際、二世帯住宅については次の3パターンがあり、節税という点からは、どれを選ぶかでその効果などに違いが生まれます。税金以外の要素も考慮に入れて、慎重に検討する必要があるでしょう。

Ⓐ単独登記

二世帯住宅を1戸の住宅として考え、土地も家屋も親か子のどちらかの名義で登記を行う方法です。登記には手数料などのコストや手間がかかりますが、それが一度で済むのがメリットです。

ただし、購入資金を親子で負担した場合、単独の名義人になった側には資金の贈与があったとみなされ、贈与税が課税されることがあります。また、名義人が亡くなって相続が発生すれば、住宅が丸々相続税の課税対象となることを考えておく必要があります。

Ⓑ共有登記

二世帯住宅を1戸の住宅として考え、親と子とで共有しているものとして登記を行う方法です。親子それぞれの資力に応じた負担で、住宅を建てられるのが利点といえるでしょう。共有の割合は、資金負担（出資比率）にリンクさせるようにします。そうすることで、贈与税の課税対象にはなりません。

共有にすれば、後述する住宅ローン控除を親と子がそれぞれ利用することができるため、単独登記に比べると節税効果は高くなるでしょう。なお、共有者が亡くなった場合には、その持分は相続の対象になります。

Ⓒ区分登記

二世帯住宅を「別々の家」として考え、それぞれの名義で登記を行う方法です。住宅ローン控除だけでなく、固定資産税や不動産取得税の軽減措置も親と子がそれぞれ受けられるため、節税効果はさらに高まります。

ただし、登記にかかる費用はⒶ、Ⓑに比べて2倍になります。加えて、相続時に「小規模宅地等の特例」が受けられない点は、大きなデメリットといえるでしょう。

また、二世帯住宅のすべてが区分登記にできるわけではなく、住居の構造の縛りがあります。玄関から居住スペースに至るまで共用部分が一切ない、構造上2戸として独立している「完全分離型」というタイプでなければ、区分所有にはできません。

二世帯住宅で期待できる3つの節税メリット

以上のことを踏まえたうえで、二世帯住宅には具体的にどのような節税メリットがあるのかをみていきましょう。

（1）不動産取得税の軽減措置⇒Ⓒ区分登記でメリット

不動産取得税とは、不動産を購入した際、1回だけ課税される地方税です。

新築の建物に対する不動産取得税は、次のように算出します。

●固定資産税評価額（課税標準額）×3％（2027年3月末までの軽減税率）

この不動産取得税は、「50㎡以上、240㎡以下の床面積」という要件を満たせば、1世帯当たり1,200万円の控除（固定資産税評価額から差し引ける）が認められます。（不動産取得税の軽減措置）。「1世帯当たり」というのがポイントで、「2世帯」に該当する住宅ならば、合わせて2,400万円の控除が受けられるのです。

仮に5,000万円の住宅を購入し、この軽減措置を適用した場合、納税額は

・普通の1戸建て：5,000万円－1,200万円×3％＝114万円
・二世帯住宅：5,000万円－2,400万円×3％＝78万円

となります。

（2）固定資産税の軽減措置⇒Ⓒ区分登記でメリット

固定資産税は、毎年1月1日時点で、土地・建物などの不動産の所有者に対して課税される地方税です。各市町村が、それぞれの不動産評価額を基に税額を算定します。評価額は、3年ごとに見直されることになっています。

固定資産税は、次のように算出します。

●固定資産税評価額×標準税率（1.4%）

固定資産税にも、以下のような軽減措置があります。

土地（住宅用地）については、200㎡まで固定資産税評価額が1/6まで軽減されます。二世帯住宅には、倍の400㎡までこの軽減措置を適用することができます。

また新築の住宅は、居住部分の床面積が120㎡までの部分について、新築後3年分の税額が1/2に軽減されます。こちらも、二世帯住宅なら240㎡まで適用可となるわけです。

住宅についての軽減措置は、現状、2026年3月末までに所有した建物に適用されます。

（3）住宅ローン減税⇒Ⓑ共有登記、Ⓒ区分登記でメリット

2026年度税制改正に、住宅ローン減税の5年間の延長（26年1月1日～30年12月31日に入居した場合に適用可能）と、一部適用条件の緩和が盛り込まれました。（※通常国会での関連法成立で正式決定）

床面積が40㎡以上（従来は50㎡以上、なお合計所得金額1,000万円超の場合は50㎡以上）の新築住宅に関しては、年末時点の住宅ローン残高の0.7％が、原則13年間に渡って所得税、住民税から控除されます。共有登記、区分登記の二世帯住宅であれば、それぞれの世帯がこの恩恵を受けることができます。

相続では特例の要件に注意

一方、住宅の所有者が亡くなって相続の局面になると、上の（1）～（3）の場合とは、状況が違ってきます。被相続人（亡くなった人）の自宅は、同居していた人が相続するなど一定の要件を満たすと、「小規模宅地等の特例」という相続税の優遇措置を受けることができます。自宅の評価額を最大80％減額できるというもので、「相続税減税の切り札」とも呼ばれています。

しかし、区分登記の二世帯住宅では、親子が別々に居住していたとみなされるため、この特例は受けられません。逆にいえば、その適用を念頭に置くのならば、親名義の単独登記か共有登記にしておく必要があるのです。共有の場合は、被相続人の持分の相続に関して、特例を使うことが可能になります。

二世帯住宅の税金は、登記がポイントに

どうするのが有利なのか

ここまでの説明でおわかりのように、（1）～（3）のメリットは、1つの土地・建物でありながら、2戸分の優遇策を受けられることによるものです。ポイントになるのは、登記の方法で、整理すると次のようになるでしょう。

・2つの世帯が同居する1戸建てと同じ扱いの単独登記には、二世帯住宅としての節税メリットはない
・住宅の購入から日々暮らす中で最も節税効果が高いのは、親子の住居を完全に分ける区分登記
・相続になった際には、区分登記だと小規模宅地等の特例が適用不可になる（単独登記か共有登記である必要がある）

必要に応じて専門家の手を借りる

税金の観点からは、相続税対策として住宅を建てる場合には、小規模宅地等の特例が使える親の単独登記にしておくべきでしょう。親子の長期間の同居を前提に、建築時の節税やその後の「税のランニングコスト」を重視するのであれば、共有や区分登記を選ぶのがいいかもしれません。

どれが有利なのかは、住宅の価格や同居の期間（親の余命）なども加味したシミュレーションが必要です。気になる場合には、相続、不動産に詳しい税理士などの専門家に相談してみることをお勧めします。

いうまでもないことですが、登記の方法（≒住宅の構造）は、税金だけで判断できるものではありません。親子世代それぞれのライフスタイルや、介護、子育て支援の必要性といった要素を考慮して、よりよい選択を心掛けましょう。

まとめ

親子が二世帯住宅に住むことで得られる節税メリットがあります。ただし、不動産の登記の方法によって、その効果などに違いがあることは、頭に入れておきましょう。迷う場合には、専門家のサポートを受けるのがいいでしょう。

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