インボイス制度の2割特例は2026年9月終了｜3割特例との違いと消費税計算・準備ポイントを解説

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2023年10月のインボイス制度開始による急激な変化を避けるため期間限定で導入された2割特例制度が終了し、代わりに3割特例の設定が決まりました。

この記事では2割特例と3割特例の違いや対象となる事業者、経過措置修了後の消費税納税額の計算方法などについて紹介します。

1. 2割特例は2026年9月30日終了、3割特例への移行とは

2023年に導入された2割特例は2026年9月30日に終了し、一部の事業者は3割特例へ移行することになります。それぞれの制度が利用できる確定申告のタイミングや3割特例を使える条件などを紹介します。

2割特例の終了時期と最後に適用できる確定申告

インボイス制度の2割特例とは、消費税の納税額を売上税額の2割とみなす制度のことです。特例を適用することにより確定申告における消費税の計算を簡素化し、かつ納税額も低くできるためインボイス制度の開始に伴う経過措置として導入されました。

2割特例は2026年9月30日までの期間限定の措置です。個人事業主の場合は2027年に行う2026年分の確定申告、法人の場合は2026年9月30日を含む課税期間終了後、最初の確定申告まで適用となります。

3割特例は個人事業主限定、2027年・2028年の2年間のみ適用

2023年のインボイス制度導入時、新しく課税事業者となった小規模事業者への負担軽減措置は2年で終了する予定でした。しかし、令和8年度税制改正にてインボイス制度の2割特例が予定通り2026年に終了すること、代わりに3割特例が開始されることが決まりました。3割特例は2027年と2028年の2年間限定、個人事業主のみが対象です。

法人は3割特例の対象外、2026年10月以降は本則課税または簡易課税へ

令和8年度税制改正では法人に対しての負担軽減措置の延長が行われませんでした。インボイス制度開始以降に新しく課税事業者になった法人は、2026年10月以降、予定通り本則課税または簡易課税の対象となります。2割特例が終了することにより、消費税負担が大きくなることが予想されるため資金の準備などに注意が必要です。

2. 3割特例・簡易課税・本則課税の比較、どれを選ぶべきか

消費税は顧客などから受け取った分と、経費などとして支払った分の差額を納めるのが原則です。ただし、消費税納税額の計算方法を変えることで負担を減らせる可能性があります。

3割特例は売上税額の30%納税、売上高の約3%負担

3割特例が適用されると、課税事業者が納める消費税額は売上税額の30％、つまり売上高の約3％へ圧縮できます。たとえば消費税率10％で税込み550万円の売上があった個人事業主は本来50万円を納税すべきところ、3割特例により納税額が15万円になります。売上が同じであった場合、2割特例に比べると納税額は増加するものの、税負担を軽減できるのがメリットです。

また、3割特例のもう一つのメリットは確定申告の手間を減らせることです。経費を計上する際にインボイス番号を一つひとつ確認しなくても自身の売上をもとに税額を計算できるため、計算が楽になります。

3割特例の対象は基準期間内に課税売上高が1,000万円を超えていない課税事業者です。対象となる事業者は確定申告時にe-TAXまたは申告書で3割特例の適用を選択するだけで制度を利用できます。事前の手続きや届け出などは必要ありません。

簡易課税のみなし仕入率、第1種90%〜第6種40%で業種別に有利不利

3割特例は課税売上高が1,000万円以下の個人事業主のみが対象となるため、一定以上の売上がある個人事業主や法人は2027年以降本則課税または簡易課税のどちらかを選択する必要があります。簡易課税とは実際にかかった仕入れや経費の消費税にかかわらず、業種ごとのみなし仕入率を使うことで消費税納税額の計算を簡便にする方法です。前々年度の課税売上高が5,000万円以下の事業者が利用できます。

みなし仕入れ率は最も低い不動産業で40％、一方、卸売業（90％）、小売業（80％）、農業・林業・漁業（70％）など3割特例より有利になる業種もあります。なお、簡易課税の適用を希望する法人は、事業年度が始まる前に届け出が必要です。早めに自身の法人の属する業種のみなし仕入率を確認し、納税額をシミュレーションしておくとよいでしょう。

本則課税は仕入税額控除の実額計算、経費が多い業種で有利

本則課税とは消費税納税制度の原則通り、顧客から受け取った消費税から仕入れや経費などとして支払った消費税を差し引き、差額を国に納める方法です。特に仕入れや経費などで支払う消費税額が多い事業者は、納税額を抑えられる点がメリットです。大規模な設備投資などにより経費が売上を上回った年には、消費税が還付されることもあります。

ただし、支払ったすべての領収書やインボイスを保管しておき、事業者番号を確認しながら消費税額を計算する必要があるため確定申告が煩雑になるのがデメリットです。

3. 2026年12月31日までに準備すべき3つのこと

特に個人事業主が消費税の簡易課税を選択する場合、2026年12月31日が届出期限となるため計算方法は早めに選択する必要があります。シミュレーションを参考に自身の事業に有利な方法を選びましょう。

納税額シミュレーション、3割特例vs簡易課税vs本則課税で最有利を判定

自身の事業内容や経費率などを考慮し、消費税の計算方法のうち最も有利な方法を選びましょう。簡易課税の場合は業種によってみなし仕入率が異なるため、実際の経費率と比較が必要です。

【シミュレーション共通の条件】
売上高1,100万円
消費税率10％
課税売上にかかる消費税額110万円

1.3割特例のケース
消費税納税額33万円
計算式｜110万円 × 30％ = 33万円

2.簡易課税のケース
第5種事業（みなし仕入れ率50％）の場合、消費税納税額　55万円

計算式｜仕入税控除110万円 × 50％（みなし仕入れ率） = 55万円
110万円（課税売上にかかる消費税額） – 55万円（仕入税額控除） = 55万円

3.本則課税のケース
経費770万円の場合、消費税納税額　40万円
経費にかかる消費税額70万円
110万円（課税売上にかかる消費税額） – 70万円 = 40万円

シミュレーションからわかるように、簡易課税と本則課税のどちらが有利になるかは業種のみなし仕入れ率や実際の経費率によって異なります。

簡易課税が有利になりやすいのは、みなし仕入れ率の高い業種です。第5種に分類されるデザイナー、プログラマーは一般的にそれほど経費を使わないため、実際の経費率がみなし仕入れ率（50％）を超えることは少ないでしょう。第1種（同90％）に分類される卸売業、第2種（同80％）の小売業などでは、簡易課税を選ぶことで3割特例よりも消費税納税額を抑えられる可能性もあります。

一方、みなし仕入れ率よりも外注費や仕入れの割合が多い事業者は本則課税が有利になることもあります。

簡易課税制度選択届出書の提出、2026年12月31日が期限

簡易課税制度の適用を受けたい課税事業者は、利用したい事業年度が始まるまでに簡易課税制度選択届出書の提出が必要です。個人事業主の場合は一律に2026年12月31日が提出期限となります。法人の場合は事業年度の開始月によって提出期限が異なります。期限を過ぎると翌年度まで簡易課税が利用できなくなるため、提出忘れのないよう注意しましょう。

資金繰り計画の見直し、納税額1.5倍増への備え

課税売上高が1,000万円以下の個人事業主は、2027年以降3割特例が適用されます。2割特例が利用できる2026年までと比較すると、売上高が同じでも消費税の納税額が約1.5倍になります。3割適用の対象となる確定申告は2027年3月と2028年3月です。期限が近づいたら、資金繰り計画の見直しに取り組みましょう。

4. 免税事業者との取引における8割控除から7割控除への変更

2割特例や3割特例のほかにもインボイス制度の導入による課税事業者の負担を軽減する措置があります。それがインボイス制度導入後も課税事業者になっていない事業者（免税事業者）と取引の際に利用できる仕入税額控除です。インボイス制度導入から数年が経過したため、今後は仕入税額も徐々に縮小されます。ここでは仕入税額控除の概要や今後の見通しなどを解説します。

2026年10月から仕入税額控除が80%→70%へ段階的引き下げ

インボイス制度の導入により、課税事業者は原則として免税事業者との取引について税額控除ができなくなります。そのため、経過措置として免税事業者からの仕入れについても税額控除を一部認める制度が導入されました。ただし、2026年10月から仕入税額控除の割合が引き下げられるため、注意が必要です。

仕入税額控除の引き下げについては以下のスケジュールで実施が予定されています。

2026年9月末まで｜税額の80％
2028年9月末まで｜税額の70％
2030年9月末まで｜税額の50％
2031年9月末まで｜税額の30％

2031年10月以降は免税事業者との取引において仕入税額控除は利用できません。

年間控除上限1億円の制限、大規模取引への影響

2026年10月以降は仕入税額控除の割合の引き下げが実施されると同時に、年間の取引額による制限も厳しくなります。具体的には1つの免税事業者からの課税仕入れの合計額が年間で1億円を超える場合、超えた分については仕入れ税額控除が利用できません。これまでは特定の免税事業者と大規模取引を行っている課税事業者は、税負担が大きくなる可能性があります。

免税事業者のまま継続するか、課税事業者へ転換するかの判断基準

インボイス制度に関連するさまざまな制度が変更されるため、免税事業者の中には今後課税事業者へ転換するか迷っている方もいるでしょう。迷ったときの判断のポイントは以下の3つです。

ポイント1｜年間の売上規模

年間の売上高が安定的に1,000万円を超えている場合、課税事業者となるためインボイス登録するほうがメリットがあります。一方、年間売上高が1,000万円以下であれば3割特例などが使えるため、あえてインボイス登録するのも方法の一つです。

ポイント2｜取引先のニーズ

取引先に法人が多い場合、仕入れ分の税控除ができるインボイス登録事業者になることが有利に働く可能性があります。反対に小売店などのように個人消費者からの売上が中心であれば、インボイス登録を必要とする取引先は多くないでしょう。

ポイント3｜事務負担

インボイス登録すると確定申告の際に消費税の計算・納税が必要になるため、一般的に事務負担は増加します。

まとめ

インボイス制度の2割特例が廃止されることにより、2027年から消費税の負担が増える事業者が多いと考えられます。少しでも負担を減らすため、3割特例・簡易課税・本則課税から有利な方法を選ぶとともに資金繰りについても見直しすることが大切です。

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