インボイス2割特例は9月30日で期限到来──10月からどうなる？個人は「3割特例」へ、法人は簡易課税の検討を【最後の申告はいつ？】

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インボイス制度の負担軽減措置「2割特例」の適用期間の区切りとなる2026年（令和8年）9月30日が過ぎました。免税事業者からインボイス発行事業者になった個人事業主・小規模法人の多くが使ってきた特例だけに、「10月から納税額はどうなるのか」「何か手続きが必要なのか」と不安な方も多いはずです。

結論から言うと、9月30日を過ぎても、すぐに2割特例が使えなくなるわけではありません。個人事業主なら2026年分（2027年3月申告）まで、法人なら9月30日を含む事業年度までは2割特例で申告できます。本当に大事なのは、その次の課税期間をどの方式で申告するかです。本記事では、終了の正確な意味（個人と法人で「最後の適用期間」が違います）、決算月別の早見表、10月以降の選択肢、そして今やるべきことを整理します。

2割特例とは――納付税額を「売上税額の2割」にできる負担軽減措置

2割特例は、インボイス発行事業者の登録を受けたことで免税事業者から課税事業者になった事業者を対象に、消費税の納付税額を「売上げに係る消費税額の2割」に抑えられる経過措置です。2023年（令和5年）10月のインボイス制度開始と同時にスタートしました。仕入れのインボイスを集計する必要がなく、売上税額さえ分かれば計算できる手軽さから、小規模事業者の定番の申告方法になっています。

この2割特例の適用期間が、「令和8年9月30日の属する課税期間」までと定められています。

「9月30日で終了」の正確な意味――個人と法人で最後の適用期間が違う

注意したいのは、9月30日の翌日からすぐに使えなくなるわけではない点です。適用の単位は「課税期間」なので、最後に2割特例で申告できる期間は次のようになります。

・個人事業主：2026年分（令和8年分・2026年1月〜12月）の確定申告が最後。申告期限は2027年3月31日です。

・法人：令和8年9月30日を含む事業年度が最後。たとえば3月決算法人なら2027年3月期（2026年4月〜2027年3月）まで、9月決算法人なら2026年9月期までです。

つまり「今年の10月から急に納税額が変わる」わけではありませんが、次の課税期間からの申告方法を今のうちに決めておく必要がある、というのが「9月30日で終了」の本当の意味です。

決算月別に整理すると次のとおりです。簡易課税に切り替える場合の届出期限は、後述する「簡易課税への円滑な移行措置」を使った場合の期限です。

・個人事業主：2割特例の最後は2026年分（申告期限2027年3月31日）。2027年分からは3割特例・簡易課税・一般課税から選択。2027年分を簡易課税にする場合の届出期限は、2027年分の申告期限（2028年3月31日）

・12月決算法人：2割特例の最後は2026年12月期。2027年12月期からは簡易課税か一般課税。簡易課税にする場合の届出期限は、2027年12月期の申告期限（2028年2月29日）

・3月決算法人：2割特例の最後は2027年3月期。2028年3月期からは簡易課税か一般課税。簡易課税にする場合の届出期限は、2028年3月期の申告期限（2028年5月31日）

・9月決算法人：2割特例の最後は2026年9月期。2027年9月期（2026年10月〜2027年9月）からは簡易課税か一般課税。簡易課税にする場合の届出期限は、2027年9月期の申告期限（2027年11月30日）

※申告期限の延長特例を受けている法人は、延長後の期限が届出期限になります。9月決算法人は、すでに2割特例が使えない事業年度に入っている点に注意してください。

10月以降どうなる①――個人事業主は「3割特例」へ移行できる

令和8年度税制改正で、2割特例の後継となる「3割特例」が新設されました。インボイス登録により免税事業者から課税事業者となった個人事業主について、令和9年分（2027年）・令和10年分（2028年）の2年分に限り、納付税額を「売上税額の3割」にできる特例です。

主な適用要件は次のとおりです。

・個人事業主であること（法人は対象外）

・基準期間（適用を受ける年の2年前）の課税売上高が1,000万円以下であること

・インボイス発行事業者の登録を受けていること

手続きは2割特例と同様、事前届出は不要で、確定申告書に3割特例の適用を受ける旨を付記して選択します。ただし納付額は売上税額の2割から3割へ増えるため、同じ売上でも消費税の負担は1.5倍になります。たとえば税抜売上800万円（消費税80万円）なら、納付額は16万円から24万円へ8万円の増加です。

3割特例の対象者・適用条件の詳細は、こちらの記事で解説しています。

インボイス2割特例はいつまで？2026年9月終了後の3割特例の対象者・適用条件・対策を解説

10月以降どうなる②――法人は簡易課税か一般課税を選ぶ

法人には3割特例がありません。2割特例が終わった後は、簡易課税制度か一般課税（本則課税）のどちらかを選ぶことになります。

ここで使えるのが、令和8年度改正で創設された「簡易課税への円滑な移行措置」です。本来、簡易課税は適用したい課税期間が始まる前日までに届出書の提出が必要ですが、2割特例（個人は3割特例も）を適用した翌課税期間に限り、その課税期間の申告期限までに「消費税簡易課税制度選択届出書」を提出すれば適用できます。決算を締めて有利不利を確認してから選べるということです。

なお、簡易課税のみなし仕入率は業種で異なります（卸売業90%・小売業80%・製造業等70%・サービス業50%など）。卸売業なら納付は売上税額の1割で3割特例より有利になる一方、サービス業は納付5割となり、個人事業主でも3割特例の方が有利なケースがあります。どの方式が有利かは業種と仕入構成次第なので、必ず試算して比較しましょう。

買い手側も要注意――免税事業者からの仕入は10月1日から「7割控除」に

売り手側の2割特例と違い、買い手側の経過措置は10月1日を境にすでに切り替わっています。免税事業者などインボイス発行事業者以外からの仕入れについて、これまで仕入税額の8割を控除できていた「8割控除」は令和8年9月30日で終わり、10月1日からは控除割合が段階的に縮小しています。

・2026年10月〜2028年9月：70%控除

・2028年10月〜2030年9月：50%控除

・2030年10月〜2031年9月：30%控除

・2031年10月以降：控除不可

改正前は「2026年10月から3年間50%→その後ゼロ」の予定だったため、令和8年度改正で期限が2年延長され、当面の控除割合も70%へ緩和された形です。あわせて、この経過措置は同一の免税事業者等からの仕入れが年（事業年度）1億円を超える部分には適用されない制限が加わりました（改正前10億円・令和8年10月1日以後に開始する課税期間から）。

免税事業者の外注先・仕入先が多い会社は、10月1日以降の取引について会計システムの控除割合が70%に変わっているか、早めに確認してください。9月以前の取引は従来どおり80%控除のため、取引日（課税仕入れを行った日）で控除割合を分けて処理する必要があります。

10月以降にやること――4つのチェックポイント

・1. 自社の「最後の2割特例期間」を確認する：個人は2026年分まで、法人は令和8年9月30日を含む事業年度まで。上の決算月別の早見表で、自社がいつまで使えるかをまず確定させます。

・2. 次の申告方式を試算する：個人は「3割特例・簡易課税・一般課税」、法人は「簡易課税・一般課税」を比較。移行措置により簡易課税は申告期限まで選択を保留できますが、資金繰り計画のためにも早めの試算が安心です。

・3. 経理・請求システムの設定を点検する：買い手側の控除割合は10月1日から80%→70%に変わりました。9月以前と10月以降の取引で控除割合が正しく分かれているか、経理処理・システム設定を確認しましょう。

・4. 取引先の登録状況と取引条件を見直す：控除割合の縮小で免税事業者との取引コストは実質的に上がります。価格や取引条件の再確認は、下請法・独占禁止法に配慮しつつ双方納得の形で進めてください。

まとめ

ポイントを整理します。

・2割特例は「令和8年9月30日の属する課税期間」まで。個人は2026年分申告、3月決算法人は2027年3月期が最後

・個人事業主は令和9年分・10年分限定の「3割特例」へ移行可能（負担は2割→3割に増加）。法人は対象外

・法人（および3割特例を使わない個人）は簡易課税か一般課税を選択。移行措置により申告期限までの届出でOK

・買い手側は10月1日から免税事業者等からの仕入控除が80%→70%へ変更済み。システム設定と取引条件の点検を

納税額に直結する分かれ道だけに、「どの方式がいくら有利か」を数字で確かめてから決めることが大切です。まずは自社の「最後の2割特例期間」と、次の課税期間の届出期限の確認から始めましょう。

2割特例終了後の消費税計算と準備のポイントは、こちらの記事もあわせてご覧ください。

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