インボイス2割特例はいつまで？2026年9月終了後の3割特例の対象者・適用条件・対策を解説

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松﨑会計事務所所長　松﨑 雄太（公認会計士・税理士）

2023年のインボイス制度開始時より小規模事業者を対象として導入された2割特例が2026年9月に終了します。令和8年度税制改正大綱では2割特例が延長されない代わりに、3割特例が開始されることとなりました。

本記事では3割特例概要や対象となる事業者、制度終了後を見据えて取るべき対策などについて解説します。

1. 2割特例はいつまで使える？終了スケジュールを時系列で整理

2割特例の終了日（2026年9月末）と、特例を使えるタイミングは必ずしも一致していません。ここでは2割特例を含むさまざまな負担軽減措置のスケジュールなどについて紹介します。

個人と法人で異なる「2割特例の最後の申告」はいつか

インボイス制度の開始にあわせて導入された2割特例は2026年9月30日に終了が予定されています。ただし、仕組み上、実際に特例が適用される確定申告の期限と、制度の終了日は異なることが多いと考えられるため、注意が必要です。

個人事業主は2027年3月に期限を迎える2026年の確定申告まで2割特例が適用されます。一方、法人は2026年9月末を含む決算期の確定申告までが対象です。

以下は決算期ごとのスケジュール例です。

5月末決算の企業→2027年5月期の確定申告まで
9月末決算の企業→2026年9月期の確定申告まで
11月末決算の企業→2026年11月期の確定申告まで

個人事業主の場合、消費税2割特例の終了タイミングは一律ですが、法人は決算期ごとに異なります。自社の決算期と確定申告のタイミングを確認しておきましょう。

2023年から2031年まで何がどう変わるのか 全体スケジュール

2023年10月からインボイス制度が開始しましたが、特に小規模事業者にとっては納税負担が大きいと考えられたためさまざまな負担軽減措置が設けられました。しかし、それぞれの制度はあくまでも期限付きであるため、以下のスケジュールに沿って順次制度の変更が行われる予定です。

2023年10月1日｜インボイス制度・2割特例制度開始・仕入税額控除開始（税額の80％）
2026年10月｜仕入税額控除が税額の70％へ引き下げ
2026年9月｜2割特例制度終了
2028年10月｜仕入税額控除が税額の50％へ引き下げ
2030年10月｜仕入税額控除が税額の30％へ引き下げ
2031年10月｜仕入税額控除廃止

令和8年度税制改正大綱で2割特例の延長はなぜ見送られたのか

2割特例は本来、2026年度に終了予定の時限措置として導入された制度です。令和8年度税制改正大綱では、インボイス事業者の負担を軽減するため2年限定で「3割特例」が導入されたものの、2割特例の延長は見送られました。

インボイス制度は小規模事業者にとって負担が大きいため、特例措置の延長を期待する声は少なくありません。しかし、軽減措置が常態化することは制度導入の意義を損なうと考えられます。2割特例が時限措置として導入された以上、将来的には負担軽減措置が縮小・終了していく可能性を考えるべきでしょう。

したがって令和8年度税制改正大綱で導入された3割特例についても、2028年度に期間満了となった場合に延長されず、予定通り終了する可能性を意識しておく必要があります。

2. 3割特例とは何か 対象者・適用要件・手続きを正確に理解する

令和9年分・令和10年分の消費税の確定申告には、一部の事業者で2割特例に代わって3割特例が適用されます。ここでは3割特例の対象者や適用要件、手続き方法について紹介します。

3割特例は個人事業主だけが対象 法人が今すぐ動くべき理由

2026年度をもって終了する2割特例の代わりに導入される3割特例は、対象者が個人事業主に限定され、法人は利用できないため、早急に今後の対応方法を考える必要があります。

具体的には本則課税または簡易課税のどちらを適用するか、自社の業種や取引先などに応じて選ばなければなりません。

また、2割特例と同様に3割特例も2年間の時限措置であり、期間は2027～2028年度です。個人事業主については2年間の猶予ができたとはいえ、近い将来に本則課税・簡易課税のどちらかを選ばなければいけないという状況は共通しています。

なお、一部の事業者は3割特例を適用せず、あえて簡易課税や本則課税を選ぶほうが有利になるケースもあります。自身の状況に応じて対応を検討しましょう。

3割特例の3つの適用要件を自分でチェックする方法

3割特例を適用するには3つの要件を満たす必要があります。2割特例の対象事業者とはやや異なるため、自分が対象となるかどうかあらためてチェックしておきましょう。

条件1｜基準期間の課税売上高1,000万円以下

条件2｜インボイス発行事業者である

条件3｜3割特例を適用したい旨を確定申告書へ付記した

上記3つの条件をすべて満たす場合のみ、3割特例を適用できます。

3割特例の申請手続きは確定申告書への付記のみ 事前届出は不要

個人事業主が3割特例を適用したい場合、事前の届出は不要です。2割特例と同様に確定申告に付記するだけで適用できるため、手続きが簡便であることはメリットといえます。

一方、簡易課税を希望する場合は、適用したい事業年度の始まる前日までに消費税簡易課税制度選択届の提出が求められます。2027年分から簡易課税を選択する個人事業主は、2026年12月31日までに届出が必要です。

2027年度分の確定申告は2028年2～3月が期限となるため、簡易課税の手続きと3割特例の申請タイミングは1年以上も差があることになります。確定申告のタイミングで簡易課税のほうが有利であることに気づいても手続きが間に合わないため、早めに納税額を試算し、対策を考えることが重要です。

3. 3割特例が終わった後はどうなる 2029年以降の出口戦略を設計する

令和8年度税制改正大綱にて3割特例の開始が決定されましたが、今後もこのような負担軽減措置が続くとは限りません。3割特例は2028年度で終了が予定されているため、2029年度以降、本則課税または簡易課税のどちらかを選ぶのが原則です。ここでは2029年以降の出口戦略として課税方式による違いや手続き方法などを解説します。

業種別みなし仕入率で有利な選択肢が変わる 簡易課税か本則課税か

2026年4月時点では2028年度に3割特例の終了が予定されているため、2029年度以降は法人か個人事業主かにかかわらず全員が簡易課税または本則課税を選ぶ必要があります。

売上にかかる消費税から仕入れの消費税を差し引いて納税額を算出する本則課税に対し、みなし仕入れ率を使う簡易課税は計算が簡便であるうえに節税になることが多い方法です。

みなし仕入れ率は以下の通り、業種ごとに定められています。

第1種｜卸売業｜90％
第2種｜小売業など｜80％
第3種｜農業・林業・漁業、建設業、製造業など｜70％
第4種｜第1～3種事業、第5～6種事業以外の事業｜60％
第5種｜運輸通信業、金融保険業、飲食店以外のサービス業｜50％
第6種｜不動産業｜40％

3割特例とは、売上税額の3割を納税する制度です。したがって、みなし仕入率の高い第1～3種の業種は、今からあえて簡易課税を選ぶほうが有利になることがあります。

後述の通り「とりあえず簡易課税の届出を出しておく」のも有効です。しかし、今後の設備投資などの事業計画によって最適な課税方式は変わります。自己判断せず、まずは顧問税理士へ早めに相談して方針を決定しましょう。

松﨑会計事務所所長　松﨑 雄太（公認会計士・税理士）

3割特例が終わった翌年の確定申告期限まで簡易課税を届け出られる特例措置

すでに解説した通り、簡易課税を適用するには課税期間開始前日までに届出するのが原則です。しかし、令和8年度税制改正大綱では前年に2割特例または3割特例を適用した事業者に対し、簡易課税制度選択届出書の提出期限を確定申告期限まで延長する特例を設けています。

つまり、2026年度に2割特例、または2027年度に3割特例を適用した事業者は、翌年度の確定申告期限までに届出書を提出することで簡易課税を適用できます。届出書の本来の提出期限である課税年度の開始前日（個人事業主の場合、確定申告期限の前々年末）と比較すると1年以上の期間延長です。

この制度を活用すれば、確定申告のタイミングで3割特例より簡易課税のほうが有利であるとわかった事業者も簡易課税を適用できるため、納税負担が軽減されます。

簡易課税の届出を今すぐ出しておいても損をしない理由

簡易課税の届出期限は課税年度の始まる前日が原則です。そのため、簡易課税の適用を考えている事業者は早めに書類の提出・準備が必要となります。

実はすでに簡易課税の届出を済ませている事業者が、確定申告において3割特例を適用することもできます。したがって、あらかじめ簡易課税を届け出ていれば簡易課税と3割特例の確定申告時にどちらか有利なほうを選べるのです。そのため、「とりあえず簡易課税で届け出ておく」戦略も選択肢の 方法の一つです。

課税方式は原則、事業年度が始まる前に申請しなければ適用されません。だからこそ事前の事業計画が肝心ですが、本則課税を選択しない場合は、「とりあえず簡易課税で届け出ておく」のもよいでしょう。

松﨑会計事務所所長　松﨑 雄太（公認会計士・税理士）

大きな設備投資を控えているなら本則課税が有利になるケースもある

本則課税は納税額の計算が煩雑かつ、みなし仕入れ率などによる節税メリットがないため、簡易課税または3割特例を選ぶ事業者が多いでしょう。

しかし、高額な機材・設備購入がある年は、実際に支払った消費税を控除できる本則課税が有利になることがあります。設備投資額が非常に大きい場合は、消費税の還付が発生することもあるのです。

設備投資が多かった年は、本則課税も含めて納税額を試算するのがおすすめです。

4. 取引先との関係はどう変わるか 買い手・売り手それぞれの対応ポイント

免税事業者と取引している課税事業者はこれまで仕入税額控除の制度を活用できました。しかし、2026年10月以降、徐々に控除率が引き下げられるため納税負担が大きくなる可能性があります。

ここでは仕入税額控除の変更が買い手・売り手それぞれに与える影響や対応方法について紹介します。

2026年10月から免税事業者との取引における仕入税額控除が80%から70%に下がる

インボイス制度の導入に伴い、免税事業者から商品やサービスを仕入れている事業者は仕入れにかかる消費税額を控除できなくなるため、激変緩和措置として採用されたのが仕入税額控除の経過措置です。

仕入税額控除は2031年9月末までの期間限定措置であり、以下の通り1～2年ごとに控除率の引き下げが予定されています。

2026年9月末まで｜税額の80％
2028年9月末まで｜税額の70％
2030年9月末まで｜税額の50％
2031年9月末まで｜税額の30％
2031年10月以降｜税額の0％

仕入税額控除が縮小すると、買い手側の課税事業者にとっては仕入れにかかる消費税分だけコストが増えるリスクがあります。免税事業者にとっては取引価格交渉で不利になったり、価格引き下げのプレッシャーがかかったりする可能性が考えられます。

年間1億円超の免税事業者との取引には控除上限の制限が新設される

2026年10月以降、免税事業者との年間取引額が1億円を超える部分については仕入税額控除が適用されなくなります。改正前は10億円が上限だったため、大幅な引き下げとなります。

ある特定の免税事業者と年間3億円の取引をしている場合、
・取引額のうち1億円分→仕入税額の70～80％を控除可能
・2億円分→控除額なし
となるため、消費税納税額に与える影響は小さくないでしょう。

免税事業者との大規模取引がある事業者にとっては見落としやすいポイントといえるため、注意が必要です。

買い手側が経過措置を使えなくなるため、消費税負担が大幅に増加します。大規模取引がある場合は事前に影響額を試算し、取引条件の見直しを含めて早めの対策を講じることが不可欠です。

松﨑会計事務所所長　松﨑 雄太（公認会計士・税理士）

免税事業者のままでいるリスクとインボイス登録を再検討するタイミング

事業内容や取引先の規模・種類によってはあえてインボイス登録せず、免税事業者でいるのも選択肢の一つです。しかし、仕入税額控除の段階的縮小により、取引先から値下げ要求やインボイス登録の打診が再び増える可能性があることは意識しておきましょう。

ただし、一方的な値引き強要は独占禁止法・下請法上の問題になる可能性があり、必ず応じなければいけないわけではありません。あくまでも「免税事業者でいること」・「インボイス登録すること」双方のメリット・デメリットを考慮したうえで、免税か課税かを判断することが大切です。

まとめ

インボイス制度に伴って導入された2割特例が2026年9月で終了するように、このような負担軽減措置は今後減っていくものと考えられます。2027年度から開始される3割特例が適用可能な個人事業主も、2029年以降を見据えた早めの対策が必要です。課税方式ごとの違いや手続き方法を知り、自分に合う方法を選びましょう。

記事監修者　松﨑税理士からのワンポイントアドバイス

インボイス制度の導入以降、相次ぐ特例措置への対応は小規模事業者の経営において極めて重要な課題です。
2割特例の終了や新たな制限の導入は、企業のキャッシュフローに直結する大きな転換点となります。個人・法人を問わず、特例の「出口」を見据えた早期の経営判断が求められます。
「まだ先のこと」と対策を後回しにせず、自社の今後の設備投資計画や業種、取引先との関係性を踏まえ、今から綿密な事業計画とシミュレーションを行うことが不可欠です。少しでも不安があれば、信頼できる顧問税理士などの専門家へ早めに相談し、自社に最適な戦略を共に構築していきましょう。

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松﨑会計事務所所長　松﨑 雄太（公認会計士・税理士）

現プライム上場企業の経営企画部、大手監査法人を経て独立。スタートアップの会社を中心に、会計・税務だけでなく経営戦略の策定支援、DX支援、経営管理体制支援など戦略的アドバイスも提供し、顧問先の成長をサポート。『お城の街』姫路市の会計事務所。

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