地域未来投資促進税制をわかりやすく解説。令和7年度改正でどう変わった？

地域未来投資促進税制とは？制度の目的と令和7年度改正の全体像

地域未来投資促進税制は2017年（平成29年）に創設された設備投資優遇制度です。都道府県の承認を受けた事業計画に基づき建物・機械等の設備投資を行う場合に、特別償却または税額控除が受けられます。令和7年度改正では設備投資下限の引き上げ・サプライチェーン類型の廃止・新たな上乗せ類型の新設など複数の変更が加えられており、改正後の要件で適用可否を確認することが必須です。

地域未来投資促進法に基づく設備投資優遇制度

地域未来投資促進税制は、2017年（平成29年）に施行された「地域未来投資促進法」に基づく法人税等の減税制度です。地域の特性や強みを活かして高い付加価値を生み出し、地域経済への波及効果をもたらす事業を対象とします。

製造業に限らず、観光・IT・グリーンエネルギー・ヘルスケアなど幅広い分野が対象となる点が特徴です。都道府県・市町村が策定する「基本計画」に合致する事業を行う企業が設備投資を行う際に特別償却（最大50%）または税額控除（最大6%）を受けられます。機械装置・器具備品に加えて建物・附属設備・構築物も対象資産となるため、工場の新設・増設といった大規模投資でも活用できます。

令和7年度改正で変わった4つのポイント

令和7年度税制改正（令和7年4月1日施行）により、従来の要件から以下の4点が変更されました。適用を検討する企業は改正前の情報をもとに判断せず、必ず改正後の要件で確認してください。

1. 設備投資下限が1億円以上に引き上げ。
   改正前は2,000万円以上かつ前年度減価償却費の20%以上でしたが、改正後は1億円以上かつ前年度減価償却費（連結会社の場合は連結グループ全体の合算額）の25%以上が要件となります。
2. 機械装置・器具備品の特別償却率が35%に変更。
   通常類型の特別償却率は40%から35%に引き下げられています。ただし上乗せ措置を満たす場合は50%のままです。
3. サプライチェーン類型が廃止。
   海外生産集中品目の製造を対象としていたサプライチェーン類型は今回の改正で対象外となりました。この類型を念頭に置いていた企業は、他の税制優遇制度の活用を検討してください。
4. 適用期限が3年間延長。
   令和10年（2028年）3月31日までに事業の用に供した資産が対象となります。

適用を受けるための2ステップ手続きと承認要件

本税制の適用を受けるには、まず都道府県知事による事業計画の承認（STEP1）を取得したうえで、国（主務大臣）による課税特例の確認（STEP2）を受ける必要があります。承認から確認、着工・取得に至るまで手続きの順序が厳格に定められており、一つでも誤ると設備が全額対象外になります。スケジュール管理が他の税制優遇とは一線を画す難所です。

STEP1｜都道府県知事による「地域経済牽引事業計画」の承認

都道府県・市町村が作成する「基本計画」に適合する「地域経済牽引事業計画」を策定し、都道府県知事に承認を申請します。承認要件は以下の3点で、具体的な数値基準は各自治体の基本計画によって異なります。

①地域の特性を活用していること

自治体が「基本計画」で定める地域の特性・活用戦略に合致する事業であることが必要です。対象分野はものづくり・デジタル・観光など自治体ごとに設定されており、事業内容が対象分野に合致しているかどうかが最初の関門となります。

たとえば東京都（第2期基本計画）では次の3分野のいずれかへの該当が求められます。

• 機械・金属・化学・電子デバイス等の産業集積を活用した環境・エネルギー関連等をはじめとする成長ものづくり分野
• 情報通信・IT関連産業等の産業集積を活用したデジタル分野
• 観光名所や多摩・島しょ地域における自然・景観等の観光資源を活用した観光分野

の3つです。

また、大阪府大阪市では、

• 製造業等の産業集積を活用した成長ものづくり分野
• ビジネス支援型サービス業等を活用したデジタル分野
• 環境・エネルギー関連のグリーン・エネルギー分野
• 医療・健康関連のヘルスケア・ライフサイエンス分野
• 観光・文化・スポーツ・まちづくり分野

の計5分野から該当するものを選択します。

一方で、福岡県では、グリーン関連・バイオ・メディカル・IT関連・成長ものづくり・クリエイティブ産業・観光関連・物流・農林水産および地域商社の8分野が設定されており、北九州地域の半導体・宇宙ビジネス・ロボット産業集積や、アジアとの交通インフラを活かしたインバウンド観光まで対象範囲が広い点が特徴です。

自地域の基本計画に定める分野と事業内容が合致しているかどうかの確認は、事業実施場所を管轄する都道府県の担当窓口または最寄りの経済産業局への事前相談が確実です。

参考：経済産業省 税制支援

②高い付加価値を創出していること

事業実施期間における付加価値増加分が、各自治体の基本計画で定める基準額を超えることが必要です。地域経済牽引事業計画における付加価値額は「売上高－費用総額（売上原価＋販売費及び一般管理費）＋給与総額＋租税公課」の計算式で算出します（令和6年9月経済産業省「地域未来投資促進法における 地域経済牽引事業計画の ガイドライン」より）。
基準額は地域によって大きく異なります。各自治体基本計画概要によると、東京都（第2期）では1事業あたり19,872万円超、大阪府大阪市では6,889万円超、福岡県では5,427万円以上が基準となっています。都市規模が大きいほど基準額も高く設定される傾向があるため、申請前に自社の付加価値創出額の見込みを計算したうえで基準との比較を行ってください。

③地域の事業者に対する経済的効果があること

取引額・雇用者数・売上・給与総額などの指標のいずれかについて、自治体が定める基準を満たすことが求められます。各自治体基本計画概要によると、東京都（第2期）では取引額11%増加・雇用者数7%増加・売上11%増加のいずれか、大阪府大阪市では売上合計25%増加・雇用者数合計5%増加・雇用者給与等支給額4%増加のいずれか、福岡県では取引額17%増加・雇用者数4%増加・売上10%増加・雇用者給与等支給額7%増加のいずれかが要件となっています。
指標は複数設定されており、自社の事業内容に照らして達成しやすい指標を選択できる設計です。ただし自治体によって指標の種類や水準は異なるため、必ず該当する都道府県の基本計画を確認してください。

STEP2｜国（主務大臣）による課税特例の確認

都道府県の承認を取得したら、次に「課税の特例確認申請書」を作成し、事業実施地を管轄する地方経済産業局（経済産業省の出先機関）へ提出します（参考：国税庁タックスアンサーNo.5436）。

確認を受けるための主な要件は以下のとおりです。

1. 先進性を有すること（製品・サービス自体の先進性、または生産・販売・提供方式の先進性が認められること）。なお製品・サービスやその生産・販売・提供方式が国内で相当程度普及している又は容易に模倣できる場合、既存事業の生産力向上のための単なる増設に当たる場合は先進性が認められません。
2. 総投資額が1億円以上であること。
3. 前事業年度の減価償却費（連結会社の場合は連結グループ合算）の25%以上の投資額であること。
4. 対象事業の売上高伸び率が過去5事業年度の市場規模の伸び率より5%以上高く、かつゼロを上回ること。
5. 労働生産性の伸び率または投資収益率が一定以上であること。

要件を満たすことが確認されると国から確認書が交付されます。この確認書の交付後から初めて対象設備の取得が可能となります。

申請から設備取得までのスケジュール管理で実務上最も注意すべき点とは？

松田 光弘

記事監修者からのワンポイントアドバイス

本税制のスケジュール管理で実務上最も注意すべき点は、「都道府県による計画承認」と「主務大臣による課税特例の確認」という2段階の手続きと設備取得の順序が厳格に定められていることです。
①計画承認は「着工前」に受けることが必須であり、②対象資産の「取得」は確認書の「交付後」でなければなりません。計画承認後であっても、確認書の交付前に設備を取得した場合は本制度の適用を受けられません。
実務で見落とされがちなのが、STEP2（主務大臣への確認申請）に先立つ事前相談（事前エントリー）の締切です。事業者は、確認申請書を提出する前に、まず確認申請書の提出先となる主務大臣を確定させる必要があります。
主務大臣の確定のため、必ず、事前エントリーの締切日までに、事業実施場所を担当する経済産業局に事前相談を申し込んでください。事前エントリーの締切日は複数回設定されています。経済産業省のWEBサイトや経済産業局への直接問い合わせで、前もって事前エントリーの締切日を確認してください。
本制度は令和10年3月31日までに対象設備を取得し事業の用に供しなければ適用できないことにご注意ください。つまり、事前エントリーが遅れ、確認書の交付が遅れれば、設備の取得・事業供用が期限までに間に合わなくなる恐れがあります。
事業者は、計画申請・承認、着工、確認書申請・交付、設備取得のスケジュールを早期に検討し、着実に実行することが不可欠です。投資計画が固まった段階で、着工予定日から逆算して都道府県及び経済産業局への相談を開始することをお勧めします。

特別償却・税額控除の控除率と上乗せ措置

2ステップの手続きを経て承認・確認を受けた場合、実際にどれほどの節税効果が得られるのでしょうか。

特別償却率と税額控除率は対象資産の種類と満たす要件によって異なります。機械装置・器具備品は通常35%（税額控除4%）、建物等は20%（税額控除2%）が基本で、一定の上乗せ要件を満たすことで機械等は特別償却50%・税額控除5〜6%まで引き上げられます。対象投資額の上限は80億円、税額控除は法人税額の20%が上限です。

資産の種類によって異なる控除率の基本

令和7年度改正後の控除率を資産区分別に整理します。

機械装置・器具備品について、通常類型の特別償却率は35%（令和7年4月1日以後取得分）、税額控除率は4%です。上乗せ措置に該当する場合は特別償却率50%、税額控除率は5%または6%に引き上げられます。建物・附属設備・構築物については特別償却率20%、税額控除率2%で、上乗せ措置による変動はありません。

一の特定地域経済牽引事業施設等を構成する対象資産の取得価額の合計が80億円を超える部分は対象外となります。また税額控除の控除額は供用年度の法人税額の20%相当額が上限です。

特別償却と税額控除は一つの資産に対して重複適用ができないため、いずれかを選択します。キャッシュフローを早期に改善したい場合は特別償却、中長期的な節税効果を優先する場合は税額控除という観点で検討してください。

上乗せ措置の2つの類型（A・B類型）

令和7年度改正後、機械装置・器具備品の上乗せ措置は2類型に整理されています。いずれかの類型に該当すれば特別償却50%または税額控除5〜6%が適用されます。

上乗せ必須要件（上乗せ累計A・B両方の前提条件）

労働生産性の伸び率5%以上（地域未来投資促進法が定める中小企業者においては労働生産性の伸び率4%以上）、かつ投資収益率5%以上であること

上乗せ類型A（税額控除5%。以下①～③のいずれかを満たす場合）

1. 直近事業年度の付加価値額増加率8%以上かつ承認地域経済牽引事業で1億円以上の付加価値を創出する（計画承認日2019年4月1日以降）。
2. 直近2事業年度の平均付加価値額50億円以上かつ3億円以上の付加価値を創出する（計画承認日2023年4月1日以降）。
3. 地域経済の成長、発展に特に資する業種に該当する事業であり、設備投資額が10億円以上かつ承認地域経済牽引事業で1億円以上の付加価値を創出する（計画承認日2025年4月1日以降）。

上乗せ類型B（税額控除6%）

上乗せ必須要件及び、上乗せ累計A①又はA②の要件を満たしたうえで、産業競争力強化法上の特定中堅企業に該当し、パートナーシップ構築宣言の登録を受け、設備投資額10億円以上であること。

大企業が税額控除を適用できないケース

中小企業者または農業協同組合等以外の法人（大企業）は、平成30年4月1日以後に開始する事業年度において、次の3要件のいずれにも該当しない場合、税額控除の適用ができません。

1. 当期の継続雇用者給与等支給額が前期を上回ること（賃上げ要件）。
2. 国内設備投資額が当期償却費総額の30%（一定規模以上の法人は40%）を超えること（設備投資要件）。
3. 当期の所得金額が前事業年度以下であること（所得要件）。

3要件のうちいずれか一つでも満たせば税額控除を選択できます。賃上げや積極投資を行う大企業は適用可能性が高く、申請前に自社の状況を確認してください。なお中小企業者については、上記の要件は適用されません。

適用できないケースと申請前に確認すべき注意点

要件を満たしているように見えても、資産の種類や取得タイミングによって本税制が適用されないケースがあります。中古資産・貸付資産は対象外、所有権移転外リース取引は税額控除のみ適用可です。また他の特別償却・税額控除との重複適用は認められません。特に手続きの順序を誤ると適格な投資であっても全額対象外になるため、スケジュール管理は最重要事項です。

対象外となる資産・取引（中古品・貸付用・所有権移転外リース）

本税制の対象となる資産は、製作または建設の後、事業の用に供されたことのない新品に限られます。中古の機械や建物を取得した場合は、その資産がいかに高額であっても本制度の対象外です。

また取得した設備を貸付けの用に供する場合も対象外となります。グループ内での設備貸借や第三者へのリース目的での取得は適用されないため、投資計画の段階で使用形態を明確にしてください。

所有権移転外リース取引により取得した場合は特別償却は適用できませんが、税額控除は適用可能です。リース活用を検討している場合は取引形態を確認のうえで判断してください。

他の税制優遇との重複適用の制限

本制度による特別償却または税額控除は、同一の資産に対して他の特別償却・税額控除と重複して適用することはできません。中小企業経営強化税制や中小企業投資促進税制など他の設備投資優遇制度と同じ設備に重複して適用することはできないため、どの税制を適用するかを事前に選択する必要があります。

どの税制が有利かは投資規模・事業年度の利益水準・キャッシュフローの状況によって異なります。複数制度を比較検討したうえで最適な選択をするために、税理士への事前相談をお勧めします。

手続きの順序を誤ると全額対象外になる理由

本税制において最も見落とされやすい実務上の注意点が、手続きの順序です。経産省は次の2点を明示しています。

対象設備にかかる工事の「着工」は、都道府県知事による地域経済牽引事業計画の「承認後」でなければならない。 また、対象設備の「取得（引渡し）」は、主務大臣による確認書の「交付後」でなければならない。

この順序を一つでも誤ると、その設備は本制度の対象外となります。「承認が下りたから発注した」こと自体は問題になりませんが、確認書の交付前に設備を取得した（引渡しを受けた）場合は対象外になってしまいます。STEP1完了後も必ずSTEP2の確認書交付を待ってから設備の取得手続きに入ってください。

1億円未満の投資しかできない中小企業が設備投資の税制優遇を活用したい場合、どの制度を検討すべき？

松田 光弘

記事監修者からのワンポイントアドバイス

1億円以上の大規模な設備投資額が難しい中小企業でも、中小企業経営強化税制や中小企業投資促進税制によって、十分な税制優遇を活用できるでしょう。
中小企業経営強化税制の適用を受けるには主務大臣に「経営力向上計画」を申請し、その認定を得る必要があります。当税制の適用によって、取得価額の即時償却または最大10％の税額控除※という大きなメリットを得られます。本制度の適用期限は令和9年3月末ですから、適用を受けようとする事業者は、速やかに計画を策定することが求められます。※税額控除は当期の法人税額の20%が限度
中小企業投資促進税制は、対象設備を導入した場合、取得価額の30％の特別償却または最大7％の税額控除を受けられる制度です。経営力強化税制と異なり、計画の申請・認定を要しないため、手続きが簡便なのが利点です。ただし対象設備の要件や、適用を受けられる事業が指定されていますので、設備取得前に制度の適用可否を確認しましょう。本制度の適用を受ける場合、令和9年3月末までに該当設備を取得し事業の用に供する必要があります。
いずれの制度の適用を受けるかは、自社の利益水準・事務負担・キャッシュフロー計画を踏まえ、早めに決定しましょう。

税制優遇以外に受けられる支援措置

地域経済牽引事業計画の承認を受けた企業は、税制優遇以外にも複数の支援措置を活用できます。融資・信用保証といった金融支援、工場立地規制の緩和や農地転用への配慮などの規制の特例、さらに各種補助金審査における加点措置が代表的なものです。設備投資の資金調達とあわせてこれらの支援措置の活用を検討する価値があります。

金融支援（日本政策金融公庫の長期固定融資・信用保証等）

承認を受けた事業者は、地域経済牽引事業の推進に必要な設備投資・運転資金について日本政策金融公庫による長期・固定金利の融資を受けることができます。金利を抑えながら安定した事業計画を立てられる点がメリットです。このほか、信用保証協会による債務保証、中小企業投資育成株式会社からの出資、海外展開を伴う場合は日本政策金融公庫による海外展開支援も活用できます。

規制の特例・予算による加点措置

都道府県・市町村の基本計画に基づき、工場建設の障壁となる工場立地法の環境施設面積率・緑地面積率の緩和、農地転用許可手続きへの配慮、市街化調整区域での開発許可手続きへの配慮など、立地段階の規制的障壁を軽減する特例措置も受けられる可能性があります。補助金面では、IT導入補助金やものづくり補助金の審査において加点を受けられる場合があります。ただし補助金の内容は毎年見直されるため、最新の公募要領を各実施機関で確認してください。

まとめ

地域未来投資促進税制は、地域の特性を活かした設備投資に対して最大50%の特別償却または最大6%の税額控除を受けられる優遇制度です。令和7年度改正で設備投資下限が1億円に引き上げられ、サプライチェーン類型が廃止されるなど要件が大きく変わりました。申請には都道府県承認と国の確認という2段階の手続きが必要で、着工前・取得前の順序厳守が適用の絶対条件です。設備投資計画の早い段階から税理士に相談し、改正後の要件に自社の投資計画が合致するかを確認することが、この制度を確実に活用するための第一歩です。

税理士紹介センタービスカスでは、設備投資に強い税理士を無料でご紹介しています。地域未来投資促進税制の活用をご検討中の企業様は、まずはお気軽にご相談ください。

よくある質問

地域未来投資促進税制について、実際によくお寄せいただく疑問をまとめました。

Q. 青色申告書を提出していない法人は適用できますか？

適用できません。本税制は青色申告書を提出する法人が対象です。青色申告の承認を受けていない法人は、まず税務署への青色申告承認申請が必要です（申請した翌年度から青色申告適用）。設備投資の計画と並行して速やかに手続きを進めてください。

Q. 令和7年改正前に都道府県の承認を受けた計画はどうなりますか？

承認日ではなく、設備を事業の用に供した日が基準となります。令和7年4月1日以後に事業の用に供した資産には改正後の要件（機械等特別償却率35%など）が適用されます。改正前に承認を取得していても、設備の事業供用日が令和7年4月1日以後であれば新要件での申告が必要です。

Q. 申請から確認書の交付まで、どれくらいの期間がかかりますか？

事業の内容や申請書類の準備状況によって異なりますが、STEP1の都道府県承認とSTEP2の国の確認を合わせると数か月以上かかるケースが一般的です。設備の着工・取得スケジュールから逆算して、余裕をもって申請準備を開始することが重要です。

Q. 地域経済牽引事業計画の実施期間はどのくらい設定できますか？

実施期間は5年を超えない範囲で設定できます。なお、基本計画の終期を超えて定めることも可能です。ただし対象設備の取得が適用期限である令和10年（2028年）3月31日までに限られる点に注意が必要です。

Q. 確認書を取得した後、設備を第三者に貸し付けることはできますか？

貸付けの用に供した場合は対象外となります。本制度で取得した設備を後から第三者に貸し付けると、優遇措置の適用が取り消されるリスクがあります。取得後の使用用途が変わる可能性がある場合は、事前に税理士にご相談ください。

Q. 本税制の申請窓口はどこですか？

STEP1の「地域経済牽引事業計画」の承認申請先は事業実施場所を管轄する都道府県です。STEP2の課税特例確認申請先は各地方経済産業局となります。制度の詳細や事前相談は最寄りの経済産業局または経済産業省のページをご参照ください。