「"手軽に稼げる"と始めたネットショップで、突然税務署から連絡が来た」こうした事態を避けるには、開業当初からの正しい税務知識が不可欠です。所得48万円超で確定申告義務が発生し、無申告なら本税＋無申告加算税15〜20%＋延滞税が課されるほか、悪質なケースでは重加算税40%が上乗せされます。国税庁は全国の国税局に「電子商取引専門調査チーム」を設置しており、プラットフォームの取引データ、銀行口座、クレジットカード履歴を照合──「ネット取引はバレない」は過去の話です。本記事では、確定申告の基準、青色申告による節税メリット、経費計上の実務、法人化の判断基準まで、ネットショップ・EC事業の税務を網羅的に解説します。
目 次
ネットショップ・EC事業の「ごまかし」は税務署にダダ洩れ！？
ネットショップ・EC事業を始めるとき、税金に対する知識が不十分だと、事業を安定的に営めなくなる可能性があります。
税金の負担を考えていなかったために、仕入れに回すお金が不足してしまった。払わなくてもいい税金を納めてしまった。まして、「申告しないでも大丈夫だろう」とそのままにしていた結果、突然税務署から連絡があって、追徴課税（後述）を支払わなくなったりしたら、せっかくの努力が水の泡になってしまいますね。
実店舗での販売と違い、インターネットを通じたやり取りは、税務署にバレないだろうと感じるかもしれませんが、それは過去の話。ネットショップを含むインターネット取引での不正に対応するため、国税庁はすべての国税局に「電子商取引専門調査チーム」を設け、監視を強化しているのです。さまざまなところに電子データが残るネット取引は、むしろ「捕捉されやすい」ビジネスだと言えるでしょう。
ちなみに、税務署には、銀行口座を調査する権限も与えられています。あなたの収入はすべて“丸裸”にされていると考えてください。
- 記事監修者からのワンポイントアドバイス
- ネット取引は匿名性が高いと思われがちですが、実は税務署にとっては把握しやすい業態です。確定申告や帳簿管理の不備が追徴課税につながることもあるため、ネットショップ運営者こそ、税理士による早めのサポートが重要です。
- GrowthPartners税理士法人
竹之内 和紀
ネットショップ・EC事業の主な税金
所得税: 個人事業主が対象となる所得税の仕組みと基本
個人事業主の場合、利益(所得)に対して所得税が課税されます。ネットショップやEC事業で得た収入から必要経費を差し引いて利益を求め、社会保険料等を控除した後の金額(課税所得金額)に対して税率を乗じ税額を計算します。
法人税: 法人化した場合にかかる法人税の概要
これに対して個人事業を法人化した場合、利益(所得)に課税されるのは法人税です。収入から経費を差し引いて利益(所得)を求めるのは個人事業と同じですが、その利益に法人税法で定められた加算・減算の手続きを経て課税所得金額を計算する点が異なります。
消費税: 一定の売上を超えた場合に課される消費税の基礎知識
所得税や法人税とは別に、当年(当期)の売上高(課税売上高)が1,000万円超になった場合、翌々年(翌々期)から消費税の納税義務が生じます。また、特定期間(個人事業主の場合は1月から6月、法人の場合は期首から6ヶ月)の課税売上高が1,000万円超になった場合には、翌年(翌期)から消費税の納税義務があります。消費税の納税義務が生じた場合、本則課税あるいは簡易課税いずれかの方式で消費税額を計算し納付しなければなりません。
- 記事監修者からのワンポイントアドバイス
- 2023年10月にインボイス制度が導入されるなど、消費税は近年制度が複雑化しています。こうした制度変更に一般の方が正確に対応することは容易ではなく、誤った判断が思わぬ税負担につながるケースもあります。年間売上が1,000万円を超える方、今後インボイスの発行を検討されている方、設備投資を予定している方などは特に注意が必要です。
- GrowthPartners税理士法人
竹之内 和紀
住民税・事業税: 地方税の仕組みとネットショップへの影響
事業で得た利益(所得)については、国税のほかにも都道府県や市区町村からも各種税金が課税されます。
・住民税(都道府県民税・市区町村民税)
個人事業主の場合は住所地、法人の場合は本店や支店の所在地を所轄する都道府県や市区町村に対して納付する税金です。個人事業主については、所得税を計算する際に求めた所得金額から住民税の所得控除を適用した後の課税所得に対して税金がかかります。法人の場合は、法人税額に税率を乗じた金額が地方税額となります。
・事業税
事業で得た所得が、ある一定の金額以上になった場合、住民税とは別に事業税が課税されます。個人事業主の場合は290万円の控除がありますので事業所得から290万円を控除した後の所得、法人の場合は所得に法人税法の加算・減算を行った後の所得に対して税金がかかります。
ネットショップ・EC事業の確定申告と節税ポイント
ネットショップ・EC事業の確定申告では、青色申告の選択と経費の適切な計上が節税の鍵を握ります。個人事業主は毎年2月16日～3月15日に前年1月1日～12月31日の所得を申告し、所得税を納付します。青色申告を選択すれば最大65万円の特別控除が受けられ、同じ売上でも税負担を大きく軽減できます。逆に確定申告を怠ると無申告加算税15～20%、悪質と判断されれば重加算税40%が課されるため、期限内の正確な申告が不可欠です。
確定申告が必要になる基準
ネットショップ・EC事業を本業とする場合、所得48万円超で確定申告が必要です。所得とは「売上－経費」で計算され、基礎控除48万円を差し引いた後の金額に課税されます。副業として営む場合は所得20万円超で申告義務が発生しますが、20万円以下でも住民税の申告は必要です。
例えば年間売上300万円、経費200万円なら所得100万円となり、基礎控除48万円を引いた52万円が課税所得です。無申告のまま放置すると、税務署の「電子商取引専門調査チーム」による調査対象となり、本税に加えて無申告加算税や延滞税が上乗せされます。
青色申告と白色申告の違い
青色申告を選択すれば最大65万円の特別控除が受けられ、同じ所得でも税負担を大幅に削減できます。青色申告には3段階の控除があり、e-Taxによる電子申告または電子帳簿保存で65万円控除、それ以外の複式簿記で55万円控除、簡易帳簿で10万円控除が適用されます。
白色申告は帳簿作成が簡単ですが控除額はゼロです。例えば課税所得300万円の場合、青色申告65万円控除を使えば課税所得が235万円に減り、税率10%として約6.5万円の節税効果があります。青色申告の承認を受けるには、開業から2ヶ月以内（1月15日以前に開業した場合は3月15日まで）に「青色申告承認申請書」を税務署に提出してください。
青色申告で使える節税メリット
青色申告には特別控除以外にも以下のメリットがあります。
赤字の繰越控除（3年間）
初年度に100万円の赤字が出た場合、翌年の黒字100万円と相殺でき、所得をゼロにできます。スタートアップ期の初期投資が大きいネットショップ事業では重要な制度です。
家族への給与を経費計上
「青色事業専従者給与」として配偶者や親族への給与を全額経費にできます。白色申告では配偶者86万円、その他の親族50万円が上限です。
少額減価償却資産の特例
30万円未満の資産（パソコン、カメラ、梱包機器など）を一括で経費計上できます。白色申告では10万円未満のみです。年間300万円まで適用可能なため、設備投資のタイミングを調整することで節税効果を高められます。
所得控除を最大限活用する
基礎控除48万円に加え、以下の控除を適用することで課税所得を圧縮できます。
- 社会保険料控除: 国民健康保険料、国民年金保険料の全額
- 生命保険料控除: 最大12万円
- 地震保険料控除: 最大5万円
- 医療費控除: 年間医療費が10万円超の部分
- 小規模企業共済等掛金控除: iDeCo掛金の全額
- 配偶者控除・扶養控除: 条件に応じて38万円～
例えば所得400万円、各種控除合計150万円なら、課税所得は250万円となり、税率10%として15万円の節税効果があります。
副業でネットショップを営む場合の注意点
副業として営む場合、雑所得ではなく事業所得として申告することで青色申告のメリットが受けられます。事業所得と認められるには「継続性」「営利性」「相当の人的・物的設備」が必要です。月1回程度の出品で年間売上30万円程度なら雑所得と判断される可能性が高く、青色申告は使えません。
事業所得として認めてもらうには、継続的な仕入れ、在庫管理、顧客対応の実績を帳簿で示すことが重要です。迷う場合は開業届と青色申告承認申請書を提出し、税務署の判断を仰いでください。
確定申告を怠った場合のペナルティ
確定申告を期限内に行わなかった場合、以下のペナルティが課されます。
- 無申告加算税: 本税の15～20%（税務調査前に自主申告すれば5%）
- 延滞税: 年率最大14.6%（納付期限の翌日から計算）
- 重加算税: 仮装・隠蔽があった場合は本税の40%
例えば本税100万円を1年間無申告のまま放置し、税務調査で発覚した場合、無申告加算税20万円＋延滞税約14万円＋本税100万円で合計134万円の支払いとなります。悪質と判断されれば重加算税40万円が加わり、総額154万円に膨らみます。
「ネット取引はバレない」は過去の話です。国税庁は全国の国税局に「電子商取引専門調査チーム」を設置し、プラットフォーム取引データ、銀行口座、クレジットカード履歴を照合しています。無申告は必ず発覚すると考えてください。
帳簿保存の義務と保存期間
青色申告を選択した場合、以下の帳簿書類を7年間保存する義務があります。
- 仕訳帳、総勘定元帳
- 現金出納帳、売掛帳、買掛帳、経費帳、固定資産台帳
- 領収書、請求書、納品書、契約書
白色申告でも法定帳簿（収入金額・必要経費を記載した帳簿）と任意帳簿は7年間、領収書類は5年間の保存が必要です。電子データで受領した請求書・領収書は電子帳簿保存法に従って保存してください（2024年1月以降は電子取引データの紙保存が不可）。
実践的な節税戦略
ネットショップ・EC事業で実践できる節税策は以下の通りです。
決算期末の経費計上
年末に翌年分の家賃、サーバー代、広告費を前払いすれば当年の経費として計上できます（短期前払費用の特例）。ただし、継続適用が条件です。
棚卸資産の評価方法
仕入れ単価が変動する商品は「最終仕入原価法」を選択すれば、期末の在庫評価額を低く抑えられ、当期の売上原価が増えて所得を圧縮できます。
家事按分の適正化
自宅兼事務所の場合、床面積や使用時間に応じて家賃・光熱費・通信費を按分します。例えば自宅50㎡のうち10㎡を事務所として使用し、1日8時間稼働なら家賃の約17%（10㎡/50㎡×8時間/24時間）を経費計上できます。
小規模企業共済への加入
月額1,000円～70,000円の掛金が全額所得控除の対象となり、廃業時には解約手当金として受け取れます。課税所得400万円で月7万円拠出すれば、年間84万円の控除で約17万円の節税効果があります。
ネットショップ・EC事業で経費にできるものは？
ネットショップ・EC事業では、仕入れから配送、広告まで多岐にわたる支出が経費として認められます。経費計上の基本原則は「事業に直接関係する支出」であること。仕入れ代金、梱包材、配送料などの直接経費だけでなく、家賃・光熱費・通信費なども事業使用分を按分すれば経費にできます。ただし私的支出との区別が曖昧だと税務調査で否認されるリスクがあるため、領収書の保管と事業関連性の説明が不可欠です。
経費として認められる主な項目
ネットショップ・EC事業で一般的に経費計上できる支出は以下の通りです。
仕入れ・原価関連
- 商品の仕入れ代金
- 原材料費（ハンドメイド商品の場合）
- 商品買い付けの際の交通費、ガソリン代
- 仕入れ時の振込手数料
販売・配送関連
- 梱包材（段ボール、緩衝材、テープなど）
- 商品発送の際の送料
- 配送業者との契約手数料
- 返品時の送料負担分
プラットフォーム・システム関連
- ショップ作成費・月額利用料（BASE、STORESなど）
- 決済手数料（クレジットカード決済、電子マネー決済）
- サーバー代、ドメイン代
- ホームページ作成費、保守管理費
- 会計ソフト・在庫管理ソフトの利用料
広告・集客関連
- Google広告、SNS広告の出稿費
- インフルエンサーへの宣伝依頼費
- 商品撮影用のカメラ、照明機材
- 画像編集ソフトの購入費・サブスクリプション費
事務・通信関連
- パソコン、プリンター、スキャナーの購入費
- パソコン、スマホの通信料
- 事業用携帯電話の通話料
- コピー用紙、文房具
その他
- 事業関連の書籍代、セミナー受講費
- 税理士・弁護士への相談費用
- 事業用口座の口座維持手数料
- 自宅兼事務所の家賃、光熱費（按分後）
経費計上の判断基準と注意点
経費として認められる条件は「事業に直接関係のある支出」であることです。税務調査では「なぜこの支出が事業に必要だったのか」を合理的に説明できるかが問われます。
事業関連性の証明方法
例えばカメラを購入した場合、商品撮影に使用していることを証明するため、撮影した商品写真と購入時期の整合性を示せるようにしてください。セミナー受講費なら、受講内容と事業との関連性（「EC事業の集客セミナー」など）を記録しておくことが重要です。
ネットショップの運営をしているのに交際費が異常に多い、飲食費が頻繁に計上されているなどの場合、税務署に目を付けられる可能性があります。
家事按分が必要なケース
自宅で仕事をしている場合の光熱費、通信費、家賃など、日常生活でも発生する費用については「事業に使った分」を計算して経費にする必要があります（家事按分）。
按分方法は合理的な基準であれば認められます。例えば自宅50㎡のうち10㎡を事務所として使用している場合、家賃の20%（10㎡/50㎡）を経費計上できます。電気代は事業使用時間が1日8時間なら約33%（8時間/24時間）、インターネット回線は業務使用割合が70%なら70%を按分します。
- 記事監修者からのワンポイントアドバイス
- 税務署は、さまざまな個人事業主や法人に対して調査を行っており、業種や規模ごとの平均的な経費水準についてもデータを把握しています。そのため、税務調査の際に支出を経費として認めてもらうには、その支出が事業にどのように関連し、実際に必要なものであったかをできる限り客観的かつ合理的に説明できることが重要です。
- GrowthPartners税理士法人
竹之内 和紀
経費にできないもの・グレーゾーン
以下の支出は原則として経費計上できません。
明確に経費にできないもの
- 所得税、住民税などの税金（ただし事業税、固定資産税、印紙税は経費OK）
- 国民健康保険料、国民年金保険料（所得控除として処理）
- 生命保険料、医療保険料（所得控除として処理）
- 事業主本人の給与
- 私的な飲食費、娯楽費
- スーツ、ビジネスバッグ（私服としても着用できるため）
グレーゾーンの支出
以下は状況によって判断が分かれます。
商品リサーチのための購入費: 他社商品を研究目的で購入した場合、研究費として計上できる可能性があります。ただし、購入理由と事業との関連性を記録しておいてください。
自己啓発セミナー・書籍: ビジネススキル向上のためのセミナーや書籍は、内容が事業に直結していれば経費として認められます。一般教養的な内容は否認されるリスクがあります。
車両関連費: 商品の仕入れや配送に使用する場合は経費計上可能ですが、プライベートでも使用するなら按分が必要です。走行距離の記録を残しておくと説明しやすくなります。
領収書・レシートの保管と記帳
経費として計上するには、領収書・レシートの保管が必須です。保管期間は青色申告で7年間、白色申告で5年間です。
領収書保管の実務ポイント
電子データで受領した請求書・領収書は、2024年1月以降、電子帳簿保存法により電子データのまま保存する義務があります。紙に印刷しての保管は認められません。クラウド会計ソフトや電子帳簿保存対応のシステムを使用してください。
紙の領収書は月別・科目別にファイリングし、いつでも取り出せる状態にしておきます。レシートの場合、感熱紙は時間経過で印字が消えるため、スキャンしてデータ保存することをおすすめします。
記帳のタイミング
経費の記帳は発生主義で行います。つまり、支払いをした日ではなく、商品やサービスを受け取った日（取引が確定した日）に計上します。例えば12月に仕入れた商品の代金を翌年1月に支払った場合でも、12月の経費として計上します。
クレジットカード払いの場合、カード決済日に経費計上し、「未払金」として処理します。実際の口座引き落とし日に「未払金」を消込む仕訳を入れてください。
確定申告での収入・経費の網羅性
確定申告で最も気をつけるべきポイントは「網羅性」です。1年間の取引によって得た収入や必要経費を1つ1つチェックし、全て漏れなく計算に含めることが大切です。
特に収入の計上漏れは所得を過少申告することになり、無申告加算税や過少申告加算税の対象になります。「収入を漏らしたけど、お咎めなしだったから大丈夫」と安心するのは早計で、このような不正に対する調査は数年後に来るケースがあります。
「無申告でもバレなかったから大丈夫」は間違いです。前述の通り、国税庁は「電子商取引専門調査チーム」を設置し、プラットフォームの取引データ、銀行口座、クレジットカード履歴を照合しています。
所得が増えたら法人化も検討しよう
さきほど、「所得税の税率は、所得が多いほど高くなる」という話をしました。事業が軌道に乗って利益が増えてきたのに、割増の税金を支払わなくてはならないのでは問題ですね。
そうならないために、事業規模がある程度大きくなったら、法人化を検討する必要があるでしょう。法人が納める法人税は、税率が一定のため、所得が膨らんでも税額の大幅な増加を抑えることができるからです。
また、法人にすることで、ショップとしての信用度を高められる、というメリットもあります。
ただ、所得がどのレベルになったら法人化すべきかという「損益分岐点」は、それぞれの人の生活実態や事業の見通しなどにより異なります。
法人化すれば、経費処理や申告業務が複雑になるほか、社会保険に強制加入となって、その保険料を半額会社が負担しなくてはならないなどの「デメリット」もあります。税理士などの専門家に、そうしたことを含めた詳細なシミュレーションを作成してもらったうえで、慎重に判断すべきでしょう。
ネットショップ・EC事業に詳しい税理士をお探しの方へ
ネットショップ・EC事業は取引量が多く、確定申告では膨大な領収書・請求書の整理と正確な帳簿作成が求められます。青色申告65万円控除を活用し、家事按分や少額減価償却資産の特例を適切に適用すれば、年間数十万円の節税効果が見込めますが、誤った経費計上や計上漏れがあれば、税務調査で否認され追徴課税のリスクがあります。
税理士は、ネットショップ・EC事業に詳しい税理士を選ぶことが重要です。プラットフォーム取引の会計処理経験があるか、クラウド会計ソフト（freee、マネーフォワード、弥生など）に対応しているか、消費税のインボイス制度や簡易課税制度について詳しいか、法人化のタイミングをサポートできるか、チャットやメールで迅速に質問対応してくれるかを確認してください。初回面談では、自社の事業内容（取扱商品、年間売上、仕入れ先、使用プラットフォーム）を説明し、具体的な節税提案や帳簿作成の流れを確認することをおすすめします。
記事監修者 竹之内税理士からのワンポイントアドバイス
ネットショップ・EC事業は、すべての取引がデータとして記録されるため、税務署による把握が比較的容易な業態です。申告漏れや経費処理の誤りがあれば追徴課税の対象となり、所得税・法人税・消費税・住民税・事業税など、多岐にわたる税負担が生じる可能性があります。そのため、確定申告では正確な帳簿作成と適切な経費判断が不可欠です。とくにEC事業は取引量が多く、会計処理が煩雑になりがちですので、日頃からの丁寧な管理と記録の徹底がリスクの回避と安定した経営につながるといえるでしょう。
また、仕入れが先行しやすいビジネスモデルであるため、資金繰りも非常に重要です。会計処理や資金調達、法人化の検討など、幅広くサポートしてくれる税理士もいますので、不安がある方は早めに相談されることをおすすめします。
