歯科医院の税務調査とは？実際の流れと対策を税理士に聞いてみた

小田根大輔先生

個人診療所は約10年に1度、医療法人は約3年に1度が目安です。ただし、前年と比較して所得が急激に増加した場合、開業から3〜5年経過した時期、消費税の還付を受けた場合などは早期に調査対象となる可能性があります。
例えば、院長の入院で一時的に所得が落ち込んだ後、診療時間延長や日曜診療で大幅に回復したケースでは、その増加幅に注目されます。税務署は保険診療報酬の推移を把握しているため、医業収入と申告所得の整合性、同業他社との経営比率の比較なども選定基準となります。第三者からの情報提供によって調査が実施されることもあるため、日頃から適正な経理処理を心がけることが重要です。

小田根大輔先生

事前通知→準備期間→調査当日→調査結果の説明・終了手続きの順で進みます。まず税務署から電話または書面で事前通知があり、調査日程・対象期間・必要書類が伝えられます。
顧問税理士がいる場合は税理士に先に連絡が入ることもあります。通知を受けたらすぐに税理士に連絡し、診療日と重なる場合は休診日への変更交渉も可能です。準備期間中に帳簿・申告書・請求書・領収書・通帳・予約表・日計表などを整理してください。
調査当日は調査官が医院を訪問し、通常1〜2日間かけて帳簿や書類を確認します。調査官からの質問には正確に回答し、必要な書類を迅速に提出しましょう。調査終了後、申告内容に誤りがあった場合は指摘事項のフィードバックがあり、「修正申告」を求められます。これに応じない場合は税務署長から更正処分を受けます。一方、問題が全くない場合は、税務署から「更正決定等をすべきと認められない旨の通知書（いわゆる是認通知書）」が送付され、無事に調査終了となります。

小田根大輔先生

収入面では、保険点数と収入金額のズレ、自費診療の収入計上時期、撤去金属冠の売却収入除外、予約表と日計表の不一致が最重点項目です。社保・国保等からの入金＋窓口負担金（保険点数×10円）と実際の収入を照合し、家族や従業員への窓口負担金免除による未計上がないか確認されます。これが見つかると売上漏れだけでなく、免除額が「現物給与」とみなされ源泉所得税の追徴課税に発展するリスクもあります。
自費診療はインプラントや矯正治療など高額で治療期間も長いため、収入計上時期が適切かチェックされます。撤去した金属冠を業者に売却した収入が雑収入として計上されているか、予約があるのに売上が計上されていないケースがないかも調査対象です。
経費面では、家計費の混入、勤務実態のない親族への給与支払い、歯科材料の在庫計上漏れ、交際費の過大計上、専従者給与額と業務内容の不均衡などが問題となります。技工所からの納品物が期末在庫として処理されているか、技工所に預けている金属（預け在庫）も確認されます。カルテの閲覧や技工所・金属買取業者への反面調査も実施される場合があります。

小田根大輔先生

帳簿・書類の整理、顧問税理士への連絡、調査日程の調整を速やかに行ってください。まず顧問税理士に連絡し、税理士の立ち会い日程を確認します。税務代理権限証書が提出されていれば税理士が同席できます。調査日が診療日と重なる場合は休診日への変更も交渉可能です。
準備する書類は、申告書控え、総勘定元帳、請求書・領収書、通帳、給与関連書類、予約表、日計表、金庫やキャビネットの整理などです。保険診療と自費診療の収入記録、技工所への発注・納品記録、金属冠売却の入金証明、歯科材料の在庫リストも用意してください。特に保険点数と収入の整合性、自費診療の収入計上時期、家族や従業員への窓口負担金免除の処理、棚卸資産の計上状況を確認しましょう。
調査担当官の部署・氏名・連絡先も必ず控えておいてください。

小田根大輔先生

正確に回答し、必要書類を迅速に提出する姿勢を保ち、感情的にならず冷静に対応してください。調査官は質問検査権を持っているため、質問に対して黙秘や虚偽の申告をすると罰則の対象となります。収入の証明や経費の詳細については内容をきちんと説明できるよう準備しておきましょう。わからないことは曖昧に答えず、税理士に確認してから回答する姿勢が重要です。雑談にも注意が必要で、調査官は何気ない会話から経理操作の矛盾を突いてくることがあります。
カルテの閲覧を求められた場合、守秘義務との兼ね合いで対立することもありますが、自費収入の計上漏れチェックが目的であるため、求められた最低限のカルテは開示せざるを得ません。ただし、税理士が間に入り、患者の病歴などプライバシーに関わる部分は付箋等でマスキングするなどの配慮を求めつつ開示に応じるのが実務上は一般的です。調査は通常1〜2日間で終了し、後日調査結果について通知されます。