中途入社従業員の年末調整どうすれば良い?必要書類やフローを解説

「前職の源泉徴収票が届かない」「離職期間の国民年金をどう処理すればいいか分からない」など、中途入社者の年末調整は新卒採用のみの企業では経験しない実務判断が次々と発生します。年末調整の対象は「年末在籍」「扶養控除等申告書提出済」の2条件を満たす従業員ですが、前職分の給与を合算する際に源泉徴収票の数値ミス、離職期間の社会保険料控除、12月入社の取り扱いなど、判断を誤ると従業員に確定申告の負担を強いることになります。本記事では中途入社者特有の書類回収・合算計算・イレギュラー対応まで、実務で即使える判断基準とフローを解説します。

中途入社者が年末調整の対象になる条件

中途入社者が年末調整の対象となるかどうかは「年末在籍」「扶養控除等申告書の提出」の2要件で判定します。扶養控除等申告書を提出していれば主たる給与として通常は甲欄で源泉徴収されます。前職の有無や入社時期に関わらず、これらを満たせば自社で年末調整を行います。一方、年収2,000万円超や住宅ローン控除初年度など、法令で年末調整が禁止される従業員もいるため、入社時点で対象・非対象を見極めることがトラブル防止の第一歩です。

年末調整の対象となる中途入社者の基本条件

年末調整の対象は「本年中に入社し12月31日時点で在籍」「扶養控除等申告書を提出済」の2条件をすべて満たす従業員です。入社日が1月でも12月でも、年末在籍なら自社で調整します。
扶養控除等申告書は入社時に回収するのが原則で、年間を通じて扶養控除等申告書が提出されず乙欄のまま支給している場合は年末調整の対象外です。ダブルワークで複数の勤務先から給与を受け取っている場合、扶養控除等申告書は1社にしか提出できないため、他社に提出済なら自社では年末調整を行いません。給与の源泉徴収が甲欄か乙欄かは給与明細の「源泉所得税」欄で判別できます。

年末調整ができない従業員の典型パターン

「前職の源泉徴収票が間に合わない」「年収2,000万円超」「年末時点で退職済」のいずれかに該当する従業員は年末調整の対象外となり、確定申告で精算します。
前職の源泉徴収票が、自社の年末調整の計算締切（源泉徴収票の作成期限である翌年1月31日を見据えた社内締切）までに入手できない場合、自社では前職分を含めた正確な計算ができないため「年調未済」として源泉徴収票を発行し、従業員に確定申告を案内します。年収2,000万円を超える従業員は所得税法で年末調整が禁止されており、前職と自社の合算で2,000万円を超える場合も同様です。住宅ローン控除の初年度も確定申告が義務付けられており、2年目以降は年末調整で対応できます。

中途入社者の年末調整フロー(入社時〜計算まで)

中途入社者の年末調整は入社時の情報確認→年末調整時期の書類回収→給与システムへの入力という3ステップで進行します。新卒採用と異なり、前職の給与・税額・社会保険料を正確に合算する必要があるため、入社時点で前職源泉徴収票の取得を依頼し、年末調整時期には離職期間中の国民年金控除証明書も併せて回収します。

入社時に確認すべき情報と書類

入社時には「前職の有無と退職日」「前職源泉徴収票の取得依頼」「扶養状況」「離職期間中の社会保険(国保・国民年金)の確認」の4点を必ず確認します。前職の退職日は扶養控除等申告書の提出タイミングや社会保険の資格喪失日に直結するため、日付単位で正確に確認してください。
前職源泉徴収票は前職の会社が退職後1ヶ月以内に発行する義務がありますが、実務では遅れるケースも多いため、入社時に「年末調整で必要になるため、届いたらすぐに提出してください」と明示的に依頼しておきます。離職期間があれば、国民年金や国民健康保険の保険料を個人で支払っている可能性があり、これらは年末調整で社会保険料控除の対象となるため、「控除証明書が届いたら必ず提出してください」と案内します。

年末調整時期の書類回収とチェックポイント

年末調整時期には「前職源泉徴収票の内容確認」「扶養控除・保険料控除の申告書類」「国民年金の控除証明書」「摘要欄の確認」の4点をチェックします。前職源泉徴収票の支払金額・源泉徴収税額・社会保険料の3項目が正しく記載されているかを確認し、社会保険料等の金額が空欄や「0円」になっている場合は前職での記載漏れの可能性があるため、従業員に前職へ確認を依頼してください。
実務上は、源泉税納付や給与支払報告書の作成の都合から、社内の計算締切を1月中旬頃に設定するケースが一般的です。この社内締切までに前職源泉徴収票が揃わない場合は、早めに確定申告への切り替えを検討します。
国民年金は日本年金機構から送付される「社会保険料(国民年金保険料)控除証明書」が必須で、国民健康保険は市区町村から送付される納付済額のお知らせや領収書で確認します。前職源泉徴収票の摘要欄には前職での住宅ローン控除や年調未済の記載がある場合があり、これらは自社での処理に影響するため必ず確認します。

給与計算システムへの入力・反映の流れ

給与計算システムへは「前職の支払金額→源泉徴収税額→社会保険料」の順に入力し、自社分と合算した年間所得税額を再計算します。入力後は還付額・追徴額が妥当な範囲に収まっているかを必ず検算します。
合算後の還付額が自社で徴収済の所得税額を大幅に超える場合や、逆に高額な追徴が発生する場合は、前職の源泉徴収税額が異常に高い・低い可能性があります。例えば前職で乙欄適用されていた場合、乙欄の前職給与は合算対象外のため、システムには入力しないでください。システムで起こりやすいエラーとしては、前職の社会保険料を入力し忘れる、支払金額と源泉徴収税額を逆に入力するなどがあるため、入力後は必ず画面上で年間給与総額と年末調整額を確認します。

中途入社の年末調整において、人事担当者の実務フローの中で注意すべきことは？

前職分の給与・税額・控除を正しく合算するための実務

前職分の給与を自社分と合算する際は前職源泉徴収票の数値を正確に読み取り、離職期間の社会保険料控除を漏れなく反映することが最重要です。転職回数が複数回ある場合は原則として『甲欄』が適用されている前職源泉徴収票のみを合算します。『乙欄』の前職分は合算できないため確定申告を案内してください。また、前職での徴収ミスや記載誤りが疑われる場合は従業員に前職への修正依頼を促すか、確定申告で精算する判断が必要です。

前職源泉徴収票の読み方と数値の扱い

前職源泉徴収票で確認すべき数値は「支払金額」「源泉徴収税額」「社会保険料等の金額」の3項目で、これらを自社の数値に加算して年末調整を行います。転職回数が複数回ある場合は、全ての前職から源泉徴収票を回収し、原則として『甲欄』が適用されているそれぞれの支払金額・税額・社保料を合算します。
摘要欄には前職での年末調整状況や特殊控除の情報が記載されます。「年調未済」とあれば前職で年末調整が行われていないことを示し、「住宅借入金等特別控除可能額」があれば前職で住宅ローン控除を受けていた可能性があります。これらの記載は自社での処理に影響するため必ず確認してください。

離職期間の社会保険料控除の処理

離職期間中に支払った国民年金・国民健康保険の保険料は年末調整で社会保険料控除の対象となり、国民年金は控除証明書、国民健康保険は領収書または納付済額のお知らせで金額を確認します。空白期間が長いほど控除額が大きくなり還付額に直結するため、回収・確認漏れは従業員の不利益につながります。
国民年金の控除証明書は日本年金機構から毎年11月頃に送付され、1月〜9月分の納付済額と10月〜12月分の納付見込額が記載されています。控除証明書がない場合は年末調整で控除できないため、紛失した従業員には日本年金機構への再発行依頼を案内してください。国民健康保険は市区町村が発行する納付済額のお知らせまたは領収書で金額を確認し、控除証明書のような統一フォーマットがない場合は領収書の合計額を従業員に計算してもらいます。

前職での徴収ミスや誤りが疑われる場合の対応

前職源泉徴収票の数値に明らかな誤りがある場合、自社では修正できないため、従業員から前職へ修正依頼するのが原則です。前職が修正に応じない、または倒産等で連絡が取れない場合は、自社で年末調整を行わず「年調未済」として源泉徴収票を発行し、従業員に確定申告で精算してもらいます。
前職での徴収ミスが疑われるケースとしては、源泉徴収税額が支払金額に対して異常に高い・低い、社会保険料等の金額が空欄または「0円」、支払金額と源泉徴収税額の整合性が取れないなどがあります。従業員に修正依頼を促す際は、修正版が法定調書の提出期限(翌年1月31日)までに間に合うかどうかを早期に判断し、間に合わない場合は確定申告に回します。

中途入社者に多いイレギュラー対応と実務判断

中途入社者の年末調整では前職源泉徴収票の遅延・未着、12月入社、特殊な前職属性、住宅ローン控除やふるさと納税など、新卒採用では発生しないイレギュラーケースが頻出します。「期限内に書類が揃わなければ確定申告に回す」「年内給与支給がなければ年末調整不可」といった実務判断が必要で、従業員に不利益を与えないよう早期に状況を見極めることが求められます。

前職の源泉徴収票が遅い・出ない・紛失した場合

前職源泉徴収票の回収期限は社内の計算締切(目安として1月中旬)を逆算して12月中旬に設定し、それまでに届かない場合は従業員に催促を依頼します。催促しても間に合わない場合は、自社で年末調整を行わず「年調未済」として源泉徴収票を発行し、従業員に確定申告を案内します。
催促の具体的ステップは、まず11月に従業員へ「前職源泉徴収票は届いていますか?」とリマインドし、未着なら「前職の給与担当者へ発行依頼の連絡をお願いします」と促します。12月中旬になっても届かない場合は「このままでは年末調整に間に合わないため、確定申告での対応になる可能性があります」と明示し、従業員に前職への再催促を依頼します。前職が倒産等で連絡が取れない場合は、税務署に「源泉徴収票不交付の届出書」を提出することで税務署から前職へ発行指導が行われますが、年末調整の期限には間に合わないため確定申告に回します。

12月入社・年末直前入社の取り扱い

12月入社で本年中に給与支給がない場合、その年は年末調整の対象外です。翌年1月以降に支払われる給与は、翌年分の年末調整の対象となります。年末調整は「その年1月1日〜12月31日に支払うべきことが確定した給与」を対象とするため、12月分給与が翌年1月支払いとなる場合は翌年の年末調整対象です。
年内に給与支給があれば年末調整を行いますが、前職源泉徴収票の回収が間に合わないことが多く、確定申告に回すケースが大半です。12月入社の場合、前職源泉徴収票が届くまで時間がかかり年末調整の期限に間に合わないことが多いため、入社時に「確定申告での対応をお願いするかもしれません」と事前に案内しておくとトラブルを防げます。

公務員・アルバイト・派遣など前職属性による注意点

公務員からの転職者は源泉徴収票の発行が遅れがちで、アルバイトは乙欄収入の可能性があり、ダブルワークは複数の給与を合算する必要があるため、それぞれ特有の注意点を押さえる必要があります。
公務員の源泉徴収票は官公庁の事務処理に時間がかかり、退職後2〜3ヶ月経過しても届かないケースがあります。従業員に「公務員の源泉徴収票は発行が遅れることが多いため、早めに担当部署へ催促してください」と伝え、12月中旬までに届かない場合は確定申告に回す判断を早めに行います。アルバイトや短期雇用の前職では、扶養控除等申告書を提出せずに乙欄で源泉徴収されているケースがあり、乙欄収入は税率が高いため、前職源泉徴収票の源泉徴収税額が支払金額に対して異常に高い場合は摘要欄に「乙欄」の記載がないか確認してください。乙欄の前職給与は年末調整での合算対象外となるため、その源泉徴収票は本人へ返却し、確定申告を行うよう伝えてください。

住宅ローン控除・ふるさと納税など特殊ケースの扱い

住宅ローン控除の初年度は確定申告が必須で、2年目以降は年末調整で対応可能です。ふるさと納税をしている場合で確定申告を行うときは、ワンストップ特例の適用条件を満たさなくなる可能性があるため、従業員への確認と案内が必要です。
住宅ローン控除は初年度(住宅を取得・居住開始した年)に税務署で確定申告を行い、翌年以降は「年末調整のための(特定増改築等)住宅借入金等特別控除証明書」と「住宅取得資金に係る借入金の年末残高等証明書」を提出することで年末調整で控除できます。ふるさと納税をしている場合、ワンストップ特例制度は「確定申告をしない」ことが前提のため、前職と自社の給与を合算して確定申告する場合、ワンストップ特例は無効となり、ふるさと納税分も確定申告で寄附金控除を申告する必要があります。従業員に「ふるさと納税をしている場合、確定申告する必要がある」と案内してください。

従業員への案内・コミュニケーションでミスを防ぐ

年末調整の成否は従業員への事前案内とリマインドの質に左右されます。前職源泉徴収票や離職期間の社会保険料控除証明書は従業員が自発的に提出することは少なく、「なぜ必要か」を具体的に説明し、回収期限を明示することで提出率が劇的に向上します。

前職源泉徴収票の提出を確実に回収する方法

前職源泉徴収票の提出を確実に回収するには「なぜ必要か」を従業員に理解させ、回収期限を明示し、リマインドを複数回行うことが不可欠です。「なぜ必要か」の説明例は「年末調整では前職と自社の給与を合算して正確な所得税を計算する必要があり、前職源泉徴収票がないと計算できません。提出いただけない場合は、ご自身で確定申告をしていただくことになり、手間と時間がかかります」です。
前職への発行依頼のアドバイス例としては「前職の給与担当者へ『源泉徴収票の発行をお願いします』とメールまたは電話で依頼してください。通常は退職後1ヶ月以内に発行されますが、遅れている場合は『年末調整で必要なため、至急発行をお願いします』と伝えてください」と具体的な依頼方法を示します。回収期限とリマインドは、11月初旬に第1回リマインド、12月初旬に第2回リマインド、12月中旬に未提出者へ個別連絡を行う流れです。転職回数が多い人には「前職が2社以上ある場合は、全ての前職から源泉徴収票を取得してください。1社でも欠けると正確な計算ができません」と強調します。

確定申告が必要になる従業員への案内方法

確定申告が必要になる従業員には、自社が発行する源泉徴収票の見方、摘要欄に記載すべき内容、税務署での手続きを分かりやすく説明します。自社が発行する源泉徴収票は、前職分を含めずに自社分のみの数値を記載し、摘要欄に「年調未済」または「年末調整未済」と記載します。
従業員向け説明のポイントは「前職源泉徴収票が年末調整の期限までに提出されなかったため、自社では年末調整を行えませんでした。お手数ですが、2月16日〜3月15日の確定申告期間に、自社と前職の源泉徴収票を持参して税務署で申告してください。申告により、払いすぎた税金が還付される場合があります」と、淡々と事実を伝え、還付の可能性も示すことで前向きな対応を促します。

従業員への説明でトラブルにならないために重要なことは？

まとめ

中途入社者の年末調整では、入社時の前職情報確認と書類回収依頼、年末調整時期の前職源泉徴収票・社会保険料控除証明書の回収、給与システムへの正確な入力と検算という3ステップが重要です。前職源泉徴収票が期限内に揃わない場合は無理に調整せず確定申告に回す判断も必要で、従業員への丁寧な説明により誤解や不満を防げます。
年末調整の対象は「年末在籍」「扶養控除等申告書提出済」の2条件を満たす従業員です。前職分の給与・税額・社会保険料を正確に合算し、離職期間中の国民年金・国民健康保険の控除も漏れなく反映することで、従業員の税負担を適正化できます。
中途入社者の年末調整は法令解釈と実務判断が複雑に絡み合い、自社だけでは対応が難しいケースも少なくありません。税理士紹介センタービスカスでは年末調整の実務に精通した税理士を無料でご紹介しています。給与計算システムの設定、前職源泉徴収票の確認、イレギュラーケースへの対応まで、専門家のサポートを受けることで正確かつ効率的な年末調整が実現します。お気軽にお問い合わせください。

よくある質問

Q：源泉徴収票がPDFで送られてきた場合はどうすればいいですか?

実務上はPDFデータでも必要事項が揃っていれば年末調整に利用できますが、保存方法や運用ルールは自社の規程に従ってください。印刷して保管し、データと照合しながら給与システムへ入力します。計算自体はPDFの数値で行って問題ありませんが、前職が電子交付ではなく紙で発行している場合は、あくまでPDFはコピー扱いとなるため、後日原本を提出してもらうのが望ましい対応です。

Q：前職で住宅ローン控除を使っていた場合はどうなりますか?

前職源泉徴収票の摘要欄に「住宅借入金等特別控除可能額」が記載されていれば、自社でも継続して控除を受ける場合は「年末調整のための住宅借入金等特別控除証明書」と金融機関の「残高証明書」を提出してもらい、自社の年末調整で控除を適用します。

Q：転職3回以上の年はどうやって合算すればいいですか?

全ての前職から源泉徴収票を回収し、それぞれの支払金額・源泉徴収税額・社会保険料等の金額を合算します。給与システムへの入力は、前職分を合算した総額を「前職分」として入力してください。なお、原則として『甲欄（扶養控除等申告書を提出していた）』の前職源泉徴収票のみを合算します。 もし『乙欄』の源泉徴収票が含まれている場合は、合算せずに除外し、その分はご自身で確定申告をするよう案内してください。

Q：年末調整後に誤りが発覚したときはどう修正しますか?

翌年1月31日までなら「再年末調整」で修正可能です。それ以降は従業員に確定申告で修正してもらうか、会社が「源泉徴収票の訂正版」を発行して確定申告での訂正申告を促します。

Q：前職が倒産して源泉徴収票が入手できない場合はどうすればいいですか?

税務署に「源泉徴収票不交付の届出書」を提出し、給与明細や預金通帳の記録をもとに確定申告を行います。自社では年調未済として源泉徴収票を発行し、摘要欄に「前職源泉徴収票入手不可のため年調未済」と記載してください。

Q：ダブルワーク(副業)がある従業員はどう扱えばいいですか?

副業が給与所得の場合、扶養控除等申告書を提出している主たる勤務先で年末調整を行い、副業先の源泉徴収票と合算して確定申告が必要です。副業が雑所得の場合、自社で給与の年末調整を行い、副業収入は確定申告で自社の源泉徴収票と合算して申告します。